El nacimiento de Jaguares de Chiapas en la Primera División fue el 27 de junio de 2002.

El 17 de agosto de ese año, el cuadro felino disputó el primer partido de su historia en Tuxtla Gutiérrez ante las Chivas; el resultado fue un empate a un gol.

El argentino Salvador Capitano fue el primer entrenador en la historia del club. A la fecha, Chiapas ha tenido 18 entrenadores, de los cuales 13 han sido de origen mexicano, además de cuatro argentinos y un chileno.

El primer triunfo de los Jaguares en el máximo circuito fue ante San Luis en calidad de visitante con anotación de Lucio Filomeno.

Alan Cruz, Lucio Filomeno, Omar Ortíz, Salvador Cabañas, Gilberto Mora, Everaldo Barbosa, Melvin Brown, "Chuy" Gutiérrez, Adolfo Bautista, Carlos Ochoa, Danilinho, Ismael Fuentes y Jackson Martínez son algunos de los máximos ídolos en la historia del equipo.

Bajo la dirección técnica de José Luis Trejo, Chiapas consiguió su temporada más exitosa, terminando como súper líder con 42 puntos.

Los felinos consiguieron el récord de menos derrotas en un torneo corto, con sólo un descalabro, en el Clausura 2004.

El paraguayo Salvador Cabañas es el máximo rompe redes en la historia del club, con 59 goles. También conquistó un título de goleo en el Clausura 2006.

Jugadores de gran trayectoria como Alan Cruz, Heriberto Ramòn Morales y Sergio Almaguer, se retiraron con la camiseta de Jaguares.

Carlos Ochoa y Adolfo Bautista son los jugadores mexicanos con mayor cantidad de goles anotados para Jaguares, con 26 y 22 respectivamente.

El único técnico que ha dirigido en dos diferentes ocasiones a los felinos es Luis Fernando Tena, quien tomó al equipo en el Apertura 2005 y 2009.

En siete diferentes oportunidades, Jaguares ha conseguido clasificar de forma directa a la Liguilla por el Título, además de un repechaje.

En agosto de 2010, Jaguares de Chiapas inició de manera prometedora una nueva etapa. Tras ocho años de historia, de haber saboreado triunfos y derrotas, el Jaguar se transformó, adoptando un nuevo escudo, afianzando el naranja y negro como sus colores oficiales pero lo más importante, con una nueva visión.

Con la experiencia de Guillermo Cantú Sáenz, comandando esta nueva era como presidente del club, se inició toda una revolución al interior del conjunto naranja, que en el Apertura 2010 volvió a ser protagonista y uno de los candidatos al título; además, recobró su calidad de equipo fuerte en casa y enamoró a su afición.

Prueba de todo esto, es la buena campaña que Jaguares consiguió en su primer torneo bajo la nueva administración, colocándose como el sexto mejor equipo de la temporada regular en el Apertura 2010, realizando un digno papel en las finales y obteniendo además un logro histórico,el pase a su primer participación en la Copa Libertadores de América 2011.



El nuevo Jaguares ha iniciado en gran forma, con éxitos que refuerzan las metas y proyectos de esta directiva.